今回の主人公は成長して青年となったアナキンとナブー女王で元老院議員のアミダラである。冒頭ではスパイ映画の如くアミダラを狙った暗殺者とオビ＝ワン、アナキンの攻防が繰り広げられる。その後はアミダラのボディーガードを勤めるアナキンとアミダラの恋模様が描かれるが陳腐な劇が長々と続いた後、アナキンの母の死が描かれやっと本題のクローン軍団の話に移る。ここまででもイスラム教徒による奴隷売買とユダヤ商人、ローマ人の執政官・独裁官の制度というような世界史を念頭に置いたようなエピソードが出てくる。
今回も弱体な共和国に対して強力なクローン軍団を持つ分離主義勢力が陰謀を巡らせて挑んでくるのだがジェダイの奮闘により首謀者ドゥークー伯爵を追い詰める。ところがドゥークー伯爵もフォースを操るジェダイでありオビ＝ワンとアナキンを格闘の末倒す。そこへヨーダが現れドゥークーと闘うが互角でありドゥークー伯爵は逃げていった。（エピソード3へ続く）
