この回は銀河系で勃発したクローン戦争の続きが描かれているのでいきなり派手な戦闘シーンで幕を開ける。二人のジェダイ、オビ＝ワンとアナキンが戦闘機に乗り敵の宇宙船めがけて突っ込んで行く。船内ではクローンを退治しドゥークー伯爵と大立ち回りを繰り広げ遂に伯爵を倒し、拉致されていたパルパティーン議長を奪回する。グリーヴァス将軍には逃げられている。
このエピソード3はアナキンが如何にして暗黒面に堕ちていったかをやや説明的に語る回であるからその理由付けがくどいほどなされている。要するに師を憎む気持ち、妻パドメの命を救いたい気持ち、ジェダイとしてさらに上を目指す事が動機であり、ハムレットの様に悩んだ末シスの暗黒卿側に付き、共和国のジェダイを壊滅させる。パルパティーン議長がシスの暗黒卿だったのである。
オーダー66の指令が発せられ銀河各地で寝返った兵士によりジェダイが虐殺されて行く。後半の最後には師弟の一騎打ちの場面が周到に用意されている。ギリギリのところでオビ＝ワンが勝ちアナキンは倒れブスブスと焼け爛れて行く。戦争は分離主義側が勝利し銀河帝国が成立する。ヨーダとオビ＝ワンは遠い惑星に落ち延び、パドメは死に、二人の子供を残した。アナキンは治療を受け復活し悪役ダース・ベイダーとしていよいよ登場するのである。
