近未来過去の少年少女ＳＦアクションアニメとしてはかなり真っ当な線を行くもので、物が浮遊するエネルギーとして飛行石を出して来ているのでＳＦである。海賊団が面白ズッコケなのも親しみやすさを醸し出している。
主人公のシータはラピュタ王国の王女で今は地上に居るが飛行石のペンダントのお蔭で空中浮遊が出来る。この秘密を特務機関に知られその為に拉致されているという所から話が始まる。シータはうまく逃げ出して少年パズーの所に身を寄せるがすぐ身元が割れ特務機関と海賊団から追跡される事になる。パズーもラピュタとあながち無関係ではなく最後には二人でバルスという滅びの呪文を唱え敵を殲滅するのである。久石譲の音楽もさらに進化している。ホルストの有名曲が二小節聴こえたのは気のせいかもしれない。
