2016年興行収入一位で 250億3000万である。二位のシン・ゴジラ 82億5000万は後ほど見る。
主人公の三葉（みつは）は飛騨に住む高校生で妹（四葉）と祖母と暮らしている。実家は神社で姉妹は巫女でもある。三葉は卒業後は狭苦しい田舎から抜け出して東京に行きたいと考えている。この変わりばえのない閉塞した日常に超常現象が起こる。東京に住むイケメン高校生の瀧はどんな願望を持つのか不明だがある日三葉の心が乗り移る。その時瀧の心は三葉の体に乗り移っているのである。
眼が覚めると東京に住むイケメン高校生になっていた三葉は東京の街を歩き学校に行き放課後になる。仲間とカフェに行きコーヒーとデザートを楽しむ。バイトにも駆り出されていろいろとトラブルにも遭遇する。
何回か肉体交換した頃これは夢でないとわかってくる。お互いの名前と境遇を理解した二人はこの難局を乗り切るためルールを策定する。だがこうした日々にも終わりがやってくる。ティアマト彗星が接近し三葉の町を破壊するのである。その結果町民のうち500人ほどが死亡し三葉もその中に含まれていた。
ある日瀧は三葉に会いに行こうと思い立ち自分の見た飛騨の風景を何枚もスケッチして町を訪れる。たまたま入ったラーメン屋の主人がその風景をよく知っており案内してくれる。町の名は糸守町といい三年前に彗星が直撃し大惨事になった所である。学校の校庭から町を見下ろすと破壊された町の惨状が広がっていた。図書館で新聞記事と資料を閲覧すると犠牲者名簿に勅使河原と早耶香と三葉の名前があった。民宿で想をめぐらせていると何かに気づいたのか瀧は御神体のある洞窟に行き三葉の作った口噛み酒を飲む。すると時空を超越して三年前の糸守町に戻る。朝起きると姿は三葉になっている。その日のうちに町民を避難させる為に変電所を爆破して防災無線で避難を呼びかける。だが結局間に合わず彗星は落ちてくる。
5年が経ち瀧は大学生になっていた。就活では苦戦しているが何かを探していた。三葉との記憶は消えている。週刊誌を見ると糸守町の住民は奇跡的に助かったという記事がある。三葉は生きていて東京で一人暮らしをしていた。電車で三葉を見かけた瀧は追いかけて声をかける。「君をどこかで」「私も」という会話が交わされる。
